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美国深海调查潜艇1号在一次例行任务中坠毁，当局命令潜艇设计师(主角)组织一个由士兵和各种科学家组成的小组，将另一艘同类型的潜艇2号带到海上营救1号，该小组成员中有两名女性，其中一名是潜艇设计师的前妻。搜索指向Sayon 1号上的一个黑匣子。救援队随后驶往一个非常隐蔽的海沟。一路上，黄色潜艇被一个巨大的白色不明物体包围，船长用电击将怪物赶走。三名潜水员从船上出来调查，发现海藻发生了变异，而且出奇地大。一名潜水员被隐藏在海带森林中的外星生物杀死，而另外两名幸存者收集了一些变异的藻类并返回潜艇。为了躲避变异生物的攻击，潜艇进入战壕内部进行探测，结果发现战壕底部有一个巨大的洞，潜艇浮出水面，机组人员穿着宇航服一样的特殊防护服进入深洞，发现里面有人工痕迹，到处都是变异生物，有的类似巨型蜜蜂，有的像海蛇和恐龙的杂交，而且都是剧毒的。在留在潜艇里的通讯指挥官的指示下，搜救队越潜越深，寻找失踪的黑匣子。然而，当他们在洞穴巡逻时，一个外星怪物突破了其中一名队员的防护面具，进入了他的身体，团队被迫杀死了他。同时，潜艇上的变异水藻侵入了潜艇上的饮用水系统，接触到水藻或被水藻污染的饮用水，就会逐渐侵蚀成水藻饲料，并有一名平民士兵因感染死亡。队员们在返回潜艇的途中划着橡皮艇，在水中被外星人一个个击毁。潜艇设计师、两名女船员和一名男科学家继续探索这个洞穴。他们找到了一个实验室，在一具干尸面前的电脑上找到了所有的秘密，原来壕沟是美国政府废弃的一个研究生物武器的秘密基地，科学家们通过生物基因杂交生产出大量的生物武器，但不知道为什么试验出了意外，所有的科学家都被那些生物杀死了，他们没有一个是免疫的。他们试图炸毁试验场，却在基因交换室遇到了最可怕的怪物一只挂在墙上的多腿海星。当所有人都用步枪抵抗海星时，一名男性科学家被海星巨大的触手卷走，一名女性团队成员被海星吸入……的最后任务,老爱鸳鸯返回潜艇,但停止了通信指挥官曾住在潜艇和揭示了真相:事实上,没有黑盒,这一行动的真正目的是来检索数据盘的生物学测试,所以他带领球队一步一步接近嗜血的实验室,并返回的第一批团队成员有两人可以免受外星人的攻击,也正是他的干涉锁住了舱门，使两名队员被外星人活活拉进水里……通讯司令实现了他的整体计划，将三个幸存者:老爱和船长锁在了寄生变异的海藻中，幸运的是，潜艇设计师将致命的光盘留在了他手中，提出要与通讯司令合作，将其骗入船舱并被海藻感染而死。当幸存者逃离危险时，他们发现船长并没有跟着他们进入逃生舱，船长告诉他们自己在制服通讯指挥官时意外感染了海藻，并决定牺牲自己去摧毁秘密基地。最后，这对夫妇带着逃生舱里的CD逃离了恐怖深渊，回到陆地上，揭露了政府的阴谋，而船长则启动了潜艇的自毁系统，炸毁了战壕的出口，把变异的生物永远封锁在了深渊里。